Я не специалист, в порядке догадки.

Протокол подробным образом описывает мероприятия и обязательства по клиническому исследованию, принятые к исполнению [Site'ом] надлежащим образом, в установленные сроки и в соответствии с договором.

"Гражданское законодательство рассматривает два принципа исполнения обязательств: принцип надлежащего исполнения и принцип реального исполнения*(116). В статье 309 ГК РФ говорится, что обязательства должны исполняться надлежащим образом в соответствии с условиями обязательства и требованиями закона, иных правовых актов, а при отсутствии таких условий и требований - в соответствии с обычаями делового оборота или иными обычно предъявляемыми требованиями. Принцип надлежащего исполнения предполагает, что обязательство должно быть исполнено надлежащими субъектами, в надлежащем месте, в надлежащее время, надлежащим предметом и надлежащим образом."
http://for-expert.ru/book_gp/101.shtml

Протокол содержит исчерпывающее описание процедур клинического исследования, надлежащим образом инициируемых, реализуемых и осуществляемых … (не знаю, какой эквивалент Вы подберете для Site, если это Institution + Principal Investigator), а также связанных с этим функциональных обязанностей.

--------------------------------------------------
Note added at 2 час (2011-01-30 09:13:46 GMT)
--------------------------------------------------

Особой разницы я не вижу, Максим. Рискну, впрочем, предположить, что undertake означает, так сказать, начало процесса, pursue - сам процесс, а follow - процесс соблюдения процесса. :-) Может быть, "инициируемых, осуществляемых и соблюдаемых"? Но, признаться, мне первый вариант нравится больше. Прошу прощения за вкусовщину с моей стороны.

--------------------------------------------------
Note added at 10 час (2011-01-30 16:38:48 GMT)
--------------------------------------------------

Максим, я свое мнение высказал. На мой скромный взгляд, разница между pursue and follow в данном контексте примерно такая же, как между carry out and observe. Я посмотрел предложенные трактовки в англо-английской паре. Если я правильно понимаю, кое-кто из коллег считает, что undertaken и pursued относится к activities, а followed - к responsibilities. Не согласен, но решать, разумеется, Вам или автору исходного документа. "Выполнять виды работ" - допустим. "Выполнять виды ответственности" - вряд ли. Добиваться чего - видов работ или сфер ответственности? "Следовать" чему - видам работ или сферам ответственности? Если количество слов "которые)" в различных вариациях, а также разнобой в падежах для Вас непринципиальны, то ради Бога.